Sim, é só habilitar o parâmetro por estabelecimento [1207- Calcula valor do ISS pelo total do orçamento]. Com esse parâmetro ativo ao finalizar o orçamento o Movere vai calcular o valor de iss pelo total do orçamento, se o somatório do valor de iss dos itens for diferente do valor da capa o Movere vai ajustar o valor baseado no valor total do orçamento.