A rotina [R135 - Itens por Estabelecimento] apresenta o custo atual do item, já o relatório [R844 - Saldo de Estoque na Data] apresenta o custo da última nota de entrada lançada anteriormente a data base informada como filtro para o relatório. 

Se o relatório foi emitido com uma data base posterior a última alteração do custo do item, e os custos ainda estão diferentes, é possível que a nota de entrada que atualizou o custo do item seja uma nota de transferência, sendo preciso marcar a opção na tela [Considerar Notas de Transferência - Entrada] para que o custo demonstrado seja igual ao da rotina [R135 - Itens por Estabelecimento].