Isso ocorre porque o usuário não possui acesso ao estabelecimento e depósito das quais as notas fiscais estão vinculadas.
A liberação do acesso pode ser efetuada através da rotina [867 - Depósitos / Usuário] ou também da rotina [932 - Depósitos por Grupo de Usuários].
Após efetuar o cadastro do usuário em uma das rotinas citadas acima, retorne a rotina [R387 - Confirmação de Notas Fiscais de Entrada] e consulte novamente as notas fiscais de entrada.