Simples! Basta acessar a rotina [R120 - Segmentos de Venda], selecionar o segmento desejado e clicar em alterar. Após isso, desmarque a opção [Gera Comissão?].
Após isso basta clicar em Salvar.
Pronto! As próximas notas, cujo cliente for desse segmento de venda, não gerarão comissão.
Caso deseje que a alteração reflita em notas já geradas, basta acessar a rotina [R337 - Reprocessamento de Comissões das Notas Fiscais de Saída] e realizar o reprocessamento do período desejado.
Obs: essa opção influencia nas comissões calculadas no momento do faturamento e no reprocessamento de comissões, vistas, principalmente, no relatório [R475 - Comissões por Nota Fiscal].