Porque provavelmente houve atualização manual do status do orçamento.
Quando houver a necessidade de realizar esses procedimentos, deve também ser feito um update na t1039 atualizando o status da cotação.
update t1039
set f1039situacaoAtual = 6 -- faturada
where f1039idCotacao = (
select t0120.f1039idCotacao
from t0120
where t0120.f0001idempresa = 1 -- altere aqui a empresa
and t0120.f0002idestab = 2 -- altere aqui a Loja do orçamento
and t0120.f0120idorcamento = 3272 -- altere aqui o numero do orçamento
)