Simples, basta utilizar os direito [Gerar Títulos e Contabilização] da rotina [R200 - Emissão de CT-e], porém existem alguns requisitos a serem considerados:

  1. CT-e precisa estar autorizada.
  2. CT-e não pode estar cancelada.
  3. CT-e não pode já ter títulos e contabilização.
  4. CT-e precisa ter ao menos uma parcela lançada.