Sim! Quando você dá entrada em uma nota fiscal via XML na rotina [R139 - Notas Fiscais de Entrada], se neste XML os itens possuírem a informação "FCI", ela será armazenada no cadastro de itens por estabelecimento [R135 - Itens por Estabelecimento]. Assim, quando for feita uma venda deste item, se ele possuir FCI cadastrado, este será preenchido na NF-e gerada.
[R135 - Itens por Estabelecimento] Aba ICMS/ISS
Não é possível alterar o definir o FCI diretamente no cadastro do item (R140), sendo necessário dar entrada via XML para que esta informação seja guardada.
[R140 - Itens por Fornecedor]
