Claro, o sistema possui um recurso que permite consultar apenas por itens que possuam estoque. Basta clicar no botão [Opções] da tela de itens e selecionar a opção [Consultar apenas itens com estoque?].
Ao clicar nela, ela ficará marcada indicando que, ao consultar pelos itens, o resultado será apenas sobre itens que possuem estoque.
Mesmo com esta opção ativa, o sistema irá ignorar a validação do estoque caso a pesquisa seja feita diretamente pelo código do item.