Sim, bem simples.
Basta que o fornecedor esteja marcado que retém impostos (Produto, Serviço ou Todos).
Com isso na [R139 - Notas Fiscais de Entrada] será possível informar a retenção de ISS.
OBS. Para retenção de ISS Substituto siga os passos da base: [R139 - Notas Fiscais de Entrada] Como gerar Título a Pagar referente ao ISS Substituto(retido)?