Simples, somente ir na R657 ir na Opção "Gerar aviso de Credito" após informar os dados do cheque onde com isso ira gerar um titulo á receber.
Nisso ir novamente na R657 (acessando com uma conta tipo banco) e fazer o recebimento pela Conta que "Gerar o cheque próprio" para quitar o valor do titulo gerado como (Troco).