Sim! Com certeza!
Para que se possa bloquear o cadastramento de novos lançamentos manuais através das rotinas [R249, R566 e R322] para uma determinada série, basta ir até o cadastro da série (na rotina R76 - Séries) e marcar o campo [Bloqueia Lançamentos Manuais?). Pronto, ninguém mais conseguirá utilizar esta série nas rotinas R249, R566 e R322.