Simples!
Para impedir que uma nota fiscal de transferência seja gerada com valores desatualizados de Preço Unitário (com base no Custo Médio), basta ativar o parâmetro por empresa [P771 - Bloqueia geração de notas fiscais de transferências caso os valores de custo médio tenham mudado?]. Assim, quando alguém tentar gerar uma nota fiscal de transferência onde o preço unitário esteja diferente do Custo Médio Atual do produto, será exibida uma mensagem orientativa para que os preços unitários sejam atualizados.
Nota: Este processo se aplica especialmente quando a Entrada/Saída utilizada tem como preço de tabela o Custo Médio dos Produtos.