Isso pode estar ocorrendo devido ao fornecedor vender embalagens fechadas, com isso o revendedor dá entrada em uma embalagem maior, porém vende o item unitariamente, um exemplo claro: foi comprado uma caixa fechada com 25 filtros de combustível, porém você venderá ele unitariamente e na nota do fornecedor veio quantidade igual um.
No MOVERE deverá ser lançado utilizando o campo múltiplo, isso pode ser informado no momento que você seleciona o XML e relaciona os itens, basta preencher o campo múltiplo com a quantidade 25 por exemplo o sistema irá pegar a quantidade que veio na nota do fornecedor e multiplicar pela quantidade informada no campo múltiplo, com isso o estoque ficará correto e o valor total da nota fiscal passará a bater.