Através do relatório da rotina [R959 - Exportação de Dados] utilizando a aba "Contas a Pagar" é possível emitir o relatório de "Contas Pagas":
Este relatório só encontra baixas no qual os "Portadores" utilizados possuem a configuração "Compõem Fluxo de Caixa":
Já no relatório [R101 - Títulos Pagos] essa condição é ignorada, buscando todas as baixas de feitas no período informado.
OBS: Com isso é possível haja diferença entre os dois relatórios.