Na tela de faturamento de requisição, acesse a aba [Dados para Geração da Nota].
Existe o campo Frete Pago com as opções Pela Empresa e Pelo Cliente
Se for marcado Pela Empresa, o tipo de frete enviado na nota será o de código 1
Se for marcado Pelo Cliente, o tipo de frete enviado na nota será o de código 2
O processo de faturamento de requisição não comporta outras modalidades de frete!