Sim, é possível, para isto basta ativar o parâmetro por empresa [P1220 - Utiliza saldo de todos os depósitos do estabelecimento no cálculo do custo médio?] na rotina [R29 - Parametros por Empresa].
Com o parâmetro ativo o sistema vai considerar o saldo total de todos os depósitos que contém aquele item por estabelecimento no cálculo do custo médio, e não apenas o saldo do item baseado no depósito padrão que está configurado na Rotina [R135 - Itens Por Estabelecimento].
Por exemplo, este item nas imagens abaixo, veja que existem nos 3 depositos, totalizando 1253 unidades.
com o parâmetro ativo como explanado anteriormente, este seria o saldo considerado na fórmula de custo médio no momento de uma entrada deste item: