O que significa exatamente a situação "Manifestada" e "Ciência" na R139?


Ciência da operação: registro de que o destinatário apenas tomou conhecimento da existência do documento que foi emitido.  Isso não quer dizer que ele manifesta ciência sobre a operação comercial realizada, apenas sobre a existência da nota. 

A manifestação de destinatário: é o registro de eventos por parte de quem recebeu uma NF-e (nota fiscal eletrônica). Se alguma empresa emitiu uma nota fiscal contra o seu CNPJ, você, como destinatário, poderá informar ao Fisco que tem conhecimento sobre a emissão e se a operação está confirmada, se não foi realizada ou se você a desconhece.