Sim, o sistema permite, para isto é necessário ativar o parâmetro por estabelecimento [P1072 - Ignorar Exceção Tributária na venda para itens retirados na loja]. Com o parâmetro ativo o sistema não irá aplicar a regra da exceção tributária vinculada ao item, e irá buscar as tributações diretamente no item na rotina [R135 - Itens Por Estabelecimento ] quando o mesmo for selecionado a opção montado na loja  ou alterado o endereço de entrega para ser retirado no estabelecimento através da rotina [R419 - Vendas No Varejo].