Simples, basta que, ao efetuar a entrada de notas fiscais pela rotina [R139 - Notas Fiscais de Entrada], o CST de ICMS deve finalizar com 20 ou 70, assim, os campos [Isento ICMS / Outras ICMS / Valor não tributado ICMS] serão habilitados para edição. Verifique com seu contator qual o entendimento para preenchimento correto destas informações.