Sim,
Independente da situação da empresa, ou seja, empresa substituída de ICMS ou empresa do regime especial (substituta), uma vez que foi destacado em campos próprios os valores de ICMS próprio e ICMS por substituição tributária na entrada, estes valores irão compor os registros:
- E100 e filhos para apuração do ICMS OP
- E200/E210 para apuração do ICMS ST
- 1900 para complementação de outras apurações de acordo com a legislação exigida em cada unidade da federação
Estes lançamentos poderão ser feitos na rotina R569-Geração do registro de apuração.
A partir da versão 4.676 do MOVERE, passa a ser possível configurar determinados CSTs de ICMS que não devem gerar crédito de ICMS na apuração.
R569 – Geração do Livro de Registro de Apuração do ICMS
Direito: Configurações

Após realizar a configuração, a rotina passa a desconsiderar os CSTs de ICMS configurados na apuração dos créditos de ICMS.
A mesma regra também é aplicada na geração do SPED Fiscal, especificamente nos registros C100 e C170 das notas fiscais de entrada, que passam a desconsiderar os créditos de ICMS para os CSTs configurados.