Sim, simples,
Basta configurar o parâmetro por empresa [91-Contribuinte de IPI] e deixar o campo desmarcado, confirme imagem abaixo:
O que correrá?
Ao dar entrada por XML o sistema, e a nota possuir condição de IPI e valor de IPI informado no XML, será lançará nota com condição de IPI 0 (zero) não tributado e o valor do IPI será lançado em outras de IPI.