Simples!

Para ignorar os itens com valor zerado, basta ativar o parâmetro [1033 - No relatórios R625 não apresentar itens com valor zerado] na rotina [R29 - Parâmetros por Empresa].

Já para o Relatório 553 basta marcar  a opção 'Exibir itens com valor zerado? ' conforme imagem abaixo.